Elektroninės parduotuvės kūrimo kaina priklauso nuo daugelio veiksnių, įskaitant projekto sudėtingumą, funkcionalumo poreikius, dizaino lygį ir integracijas su kitomis sistemomis, tokiomis kaip mokėjimai, logistika, buhalterija ir atsargų valdymas. Paprastos el. parduotuvės kaina gali prasidėti nuo kelių šimtų eurų, o sudėtingesnės parduotuvės su individualiu dizainu ir pažangiomis funkcijomis (pvz., klientų paskyros, prekių filtravimas, daugiakalbystės) gali kainuoti nuo kelių tūkstančių eurų ar daugiau.